Coloración de Ziehl-Neelsen en el laboratorio de patología: rendimiento y contribución al diagnóstico de micobacterias en el lavado broncoalveolar / Ziehl-Neelsen stain in the pathology laboaratory: Performance and diagnostic aid for mycobacteria in bronchoalveolar lavage

Introducción. La coloración de Ziehl-Neelsen, con más de 100 años de uso, continúa vigente mundialmente. Objetivo. Comparar el rendimiento de las pruebas diagnósticas utilizadas para la determinación de micobacterias en el laboratorio clínico de patología en muestras de lavado broncoalveolar. Materiales y métodos. Se revisaron retrospectivamente 737 muestras de lavado broncoalveolar procesadas en el 2019 y el 2020 en el Hospital San Vicente Fundación (Medellín, Colombia) y se compararon las características de tres pruebas diagnósticas realizadas en paralelo: la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) para micobacterias con detección de resistencia, el cultivo, y la coloración de Ziehl-Neelsen. Resultados. Se catalogaron como enfermos a 93 de los 737 pacientes a partir de los resultados positivos en alguna de las tres pruebas. El cultivo tuvo una sensibilidad de 0,80, la PCR una de 0,76 y la coloración de Ziehl-Neelsen una de 0,51. Sin embargo, solo 5 de 75 (6,5 %) cultivos fueron positivos a las cuatro semanas y el resto lo fue a las ocho semanas. La PCR combinada con la coloración de Ziehl-Neelsen mejoró la sensibilidad de la PCR por sí sola, de 0,76 a 0,88, diferencia que fue estadísticamente signifcativa (p=0,022). Conclusión. En las muestras de lavado broncoalveolar, el cultivo sigue siendo la prueba con mejor sensibilidad. El uso conjunto de la prueba de PCR y la coloración de ZiehlNeelsen mejora signifcativamente la sensibilidad de la primera, lo que compensa la demora relativa en la entrega de los resultados debida al tiempo requerido para la tinción de Ziehl-Neelsen.

Introduction: With more than 100 years of use, the Ziehl-Neelsen stain is still currently used worldwide. Objective: To compare the performance of diagnostic tests used to determine mycobacteria in the clinic and pathology laboratory in bronchoalveolar lavage samples. Materials and methods: We retrospectively reviewed 737 bronchoalveolar lavage samples from 2019 to 2020 in the San Vicente Fundación hospital (Medellín, Colombia) comparing the performance of three tests done in parallel: mycobacteria and resistance PCR, culture, and Ziehl-Neelsen stain. Results: In total, 93/737 patients were classifed as sick due to a positive result in any of the three tests. The culture, PCR, and Ziehl-Neelsen stain had a sensibility of 0.80, 0.76 y 0.51, respectively. However, only 5/75 (6.5%) of the positive cultures had results within the frst four weeks and the rest in eight weeks. The PCR test combined with the Ziehl-Neelsen stain improved the sensibility of the PCR test alone from 0.76 a 0.88, a change that was statistically signifcant (p = 0.022). Conclusion: At least in bronchoalveolar lavage samples, culture is still the test with better sensibility. The use in parallel of the PCR test and the Ziehl-Neelsen stain improved in a statistically signifcant manner the performance of the PCR test alone, regardless of the higher turnaround time of the Ziehl-Neelsen stain.

Biliary Tract Microbiota Similarities in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma / Similitudes en la Microbiota de Tracto Biliar en Adenocarcinoma Ductal de Páncreas

Abstract Objective: to analyze microbiota profiles in the biliary tract, of pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) patients and gallstones patients, in order to identify dif ferences, which may contribute to a better understanding of PDAC carcinogenesis. Methods: using microbiota analysis, a total of 25 samples from 14 patients were collected during surgery and compared. Samples were divided into three groups; one GS group (N = 3), and two PDAC groups; PDAC gallbladder group (N = 11) and PDAC brush group (N = 11). Results: upon comparison of bacterial communities' alpha and beta diversity indices and relative abundances by group (anatomic site) and condition (GS vs PDAC), we found no statistically significant results. However, we can highlight the high similarity of the compared parameters among the two different anatomic locations over the biliary tract in PDAC patients. Conclusion: to the best of our knowledge, this is the first study comparing two different anatomic locations over the biliary tract in PDAC patients. Among PDAC groups microbiota along the semi-closed duct system of the biliary tract showed substantial similarity, reflected in the alpha and beta diversity indices and relative abundances.

Resumen Objetivo: analizar los perfiles de microbiota en el tracto biliar de pacientes con adenocarcinoma ductal pancreático (PDAC) y pacientes con cálculos biliares (GS), con el fin de identificar diferencias, lo que puede contribuir a una mejor comprensión de la carcinogénesis de PDAC. Métodos: mediante análisis de microbiota, se recolectaron durante la cirugía un total de 25 muestras de 14 pacientes y se compararon. Las muestras se dividieron en tres grupos; Grupo GS (N = 3) y dos grupos PDAC; Grupo de vesícula biliar PDAC (N = 11) y grupo de cepillado PDAC (N = 11). Resultados: al comparar los índices de diversidad alfa y beta de las comunidades bacterianas y las abundancias relativas por grupo (sitio anatómico) y condición (GS vs PDAC), no encontramos diferencias estadísticamente significativas. Sin embargo, podemos destacar la gran similitud de los parámetros comparados entre las dos ubicaciones anatómicas diferentes en el tracto biliar en pacientes con PDAC. Conclusión: hasta donde sabemos, este es el primer estudio que compara dos ubicaciones anatómicas diferentes sobre el tracto biliar en pacientes con PDAC. Entre los dos grupos de PDAC, la microbiota del sistema de conductos semicerrados del tracto biliar, se encontró una similitud sustancial, reflejada en los índices de diversidad alfa y beta y en abundancias.